La AECFH tendrá por objeto fomentar y promover las actividades investigativa, científicas, técnicas, académicas, funcionales y docentes del farmacéutico de hospital y, por regla general, de todo lo concerniente a la Farmacia Hospitalaria y actividades relacionadas, en beneficio de la comunidad. Además, promover la inclusión de los profesionales farmacéuticos en los servicios de salud mediante la difusión y visibilización de su trabajo, creando vínculos nacionales e internacionales con organismos públicos o privados así como con otras sociedades y asociaciones profesionales afines.